（1）协商解决
《土地管理法》第16条第1款规定：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。
（2）行政解决
《土地管理法》第16条第2款规定：个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。
（3）司法解决
《土地管理法》第16条第3款规定：当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只与按照《土地管理法》第16条和第53条的规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。否则，人民法院不予受理。但对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民法院起诉。
此外，宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会（包括城市的居民委员会和农村的村民委员会）的主持下，以国家的法律、法规规章、政策和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。
一、农村宅基地使用权纠纷案件的处理原则
实践中，因宅基地使用权而发生的纠纷在民事纠纷中比较常见。对宅基地使用权纠纷应按下列原则妥善处理：
原则一：依法保护国家、集体的宅基地所有权。
原则二：依法保护公民、法人合法取得的宅基地使用权。
原则三：宅基地使用权随房屋转移的原则。
原则四：尊重历史、面对现实，有利于生产、生活的原则。
原则五：促进经济发展，维护社会稳定的原则。
二、因宅基地而引发的纠纷
对当事人之间因宅基地而引发的纠纷，只要一方当事人提出争议，双方宅基地使用证存在着界限不明确或界限重合或双方均无宅基地使用证的情形就属于权属不清，双方协商不成，必须由人民政府处理，由政府作出确权决定。享有权属依据的一方当事人未经政府确权，不能以对方当事人侵权向法院起诉，人民法院也不能直接处理。如果双方当事人对宅基地权属都没有什么争议，享有宅基地权属依据的一方当事人认为对方侵犯自己宅基地权属而向人民法院起诉的，人民法院应作为侵权民事案件受理。
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